À partir de 2007, il annonce que la crise qui commence est un tournant majeur de l’histoire économique. En mars 2007, de retour de New York, il donne des conférences annonçant le risque d’un krach lié aux subprimes. Plusieurs trésoriers d’entreprises modifient leurs positions sur ses conseils. Il s’insurge pendant l’année 2008 contre tous ceux qui annoncent une fin rapide des dysfonctionnements. En septembre 2008, il est à New York au moment de l’effondrement de Lehman Brothers. Il rencontre de nombreux acteurs directs des événements, qu’il évoque dans son essai Ceci n’est pas une crise, juste la fin d’un monde ! (Anne Carrière).

Il s’inscrit dans une logique résolument favorable à l’Europe5, qu’il estime bien plus rationnelle que celle des États Unis. Il prône dès 2008 une réduction de la dette publique, encore plus quand à partir de 2009, les grands États garantissent le système financier mondial. En 2009, il relie la crise aux grands événements géopolitiques notamment dans son ouvrage Le monde s’en va-t-en guerre (Anne Carrière)

À partir de 2010, il intègre la dimension environnementale dans sa réflexion, notamment à partir de son ouvrage La décompression (Anne Carrière) Il travaille sur la problématique chinoise depuis 2007, il publie en 2012 un roman sur ce thème, Le gué du tigre (Anne Carrière).

Dès 2011, il organise à New York pour les participants de l’Institut de Haute Finance des conférences à « la Maison du Bitcoin » à Wall Street, afin de sensibiliser les financiers européens à Blockchain et aux cryptos monnaies.

En 2013, il avance que la crise bancaire et financière de 2008 et ses prolongements seraient dus aux dirigeants des pays occidentaux qui, à partir des années 1990, auraient choisi de faciliter le crédit pour conserver la croissance et maintenir les systèmes sociaux mis en place par les différents État-providences depuis la Libération. L’endettement, source de la crise, aurait été le fait d’une politique volontaire.

Il s’intéresse de plus en plus aux nouvelles technologies ; il rend visite notamment à Brooklyn, aux nombreuses start up qui s’y développent. Il rencontre à plusieurs reprises des représentants du Nasdaq. Il est persuadé de l’émergence d’un nouveau modèle économique mondial, qui peut être contrarié cependant par une montée du conservatisme, voire d’une logique réactionnaire dans de nombreux pays, y compris en France. L’ensemble de ces réflexions l’amène à publier en 2014 En tout espoir de causes (Anne Carrière).

Il aborde également la question du financement de l’agriculture européenne ; il lance en 2014 un vaste programme de recherche européen sur cette question.

À partir de 2016, il s’intéresse au financement des investissements pour combattre le dérèglement climatique et promouvoir le développement durable. Il créée à l’IAE de Paris, Université de Paris 1 Panthéon Sorbonne, la chaire Finagri (Financement de l’agriculture), avec l’Inrae. L’agriculture et plus largement l’agro-alimentaire lui semblent particulièrement importants comme terrain de recherche : activité à fort impact environnemental, elle est aussi traditionnellement l’un des points forts de l’économie française, structurant en partie son territoire. De surcroît, l’agriculture par la PAC (Politique Agricole Commune) est également l’une des pierres angulaires de la construction européenne, autre sujet de prédilection de Philippe Dessertine. Il présente d’ailleurs sa chaire à la Commission Européenne à Bruxelles, à la Direction Générale économique ainsi qu’à la Direction Générale agriculture, puis à la Banque Européenne d’Investissement et au Fonds Européen d’Investissement au Luxembourg.

Ayant achevé la première phase de développement des travaux de la chaire, il crée en 2021, en présence de nombreux représentants du monde agricole, de la recherche agronomique, de la finance et de la coopérative, l’association Finagreen dont la vocation est la labellisation d’investissements de développement durable dans le domaine agricole sur la base de leur mesure d’impacts.

Il poursuit le développement de cette mesure d’impacts dans le cadre de la chaire et des travaux doctoraux qu’il dirige.

En 2017, à la demande de Bettina Laville, Présidente du Comité 21, il prend la présidence du Comité de Prospective de ce même Comité et conduit la rédaction d’un important rapport collectif « La grande Transformation », présenté au Change Now Summit le 30 janvier 2020 au Grand Palais à Paris.

C’est à partir de 2007 que Philippe Dessertine intervient dans les médias, faisant appel à ses compétences : à la télévision, en particulier dans l’émission C dans l’air sur France 5, mais également dans Le club de l’économie sur TF1, Ce soir (ou jamais !), Mots croisés, ainsi qu’au journal de 20 heures de TF1 et au journal de 20 heures de France 2, mais également sur de d’autres chaînes, notamment LCI, BFM TV, ITélé, Canal+, LCP, France 24 et dans des télévisions étrangères.
Philippe Dessertine intervient également dans des émissions de radio : il est un invité récurrent de Nicolas Doze dans l’émission Les Experts sur BFM Business ; pendant l’été 2012, il anime une chronique quotidienne sur Europe 1 à 8h15 et en 2013, il devient un invité récurrent de l’émission de Patrick Poivre d’Arvor à 19h sur Radio Classique.